1. Liza komórek i denaturacja białek
Na początkowym etapie ekstrakcji plazmidowego DNA komórki muszą zostać poddane lizie, aby uwolnić znajdujące się w nich DNA. Proces ten zwykle osiąga się poprzez zastosowanie wysokich stężeń soli, detergentów lub enzymów. W tym procesie główną rolą Trisu jest utrzymanie stabilnego pH roztworu, chroniąc w ten sposób DNA przed kwaśnym środowiskiem powstającym podczas procesu lizy. Ponadto Tris może również pomóc w izolowaniu DNA z lizatów poprzez wiązanie się z białkami i denaturację.
2. Solubilizacja i stabilizacja DNA
Po lizie komórek plazmidowy DNA należy poddać lizie i wyizolować od innych składników komórkowych. Proces ten zwykle osiąga się poprzez zastosowanie wysokiego stężenia soli lub detergentu. W tym procesie główną rolą Tris jest zapewnienie odpowiedniej siły jonowej i środowiska pH w celu promowania solubilizacji i stabilizacji DNA. Grupy hydroksylowe i aminowe Trisu mogą tworzyć wiązania wodorowe i jonowe z cząsteczkami DNA, które stabilizują jego strukturę i zapobiegają jego degradacji. Ponadto Tris może dodatkowo chronić DNA przed degradacją poprzez hamowanie aktywności nukleaz.
3. Oczyszczanie i odzyskiwanie DNA
Po wyizolowaniu plazmidowego DNA z lizatu często wymagana jest seria etapów oczyszczania w celu usunięcia pozostałych białek, RNA i innych zanieczyszczeń. Etapy te obejmują ekstrakcję fenolem/chloroformem, wytrącanie etanolem itp. W tym procesie główną rolą Tris jest utrzymanie stabilnego pH roztworu, chroniąc w ten sposób DNA przed kwaśnym lub zasadowym środowiskiem, które może powstać podczas oczyszczania. Ponadto Tris może również pomóc w odzyskaniu czystego plazmidowego DNA z roztworu, wiążąc się z zanieczyszczeniami i umożliwiając ich wytrącenie.
